Ученые ушли в онлайн и зовут с собой

Проведение первого научного семинара международной лаборатории статистической и вычислительной геномики отложилось почти на месяц из-за распространения Covid-19. Но в апреле знаковое для лаборатории мероприятие состоялось. О том, как живется ученым в условиях пандемии и самоизоляции, что такое геномика и в чем важность жестов на онлайн-занятиях мы поговорили с руководителем лаборатории Владимиром Щуром.

Готовь сани летом, а Slack зимой

Еще зимой, когда появилась наша новая лаборатория, я организовал виртуальное пространство для общения всей команды сотрудников и студентов в Slack. В то время это было удобным дополнением к жизни лаборатории. Когда нас отправили на дистанционную работу в связи с коронавирусом, Slack неожиданно оказался насущной необходимостью для нашей работы. Мы уже привыкли к тому, что у нас есть рабочее онлайн-пространство для переписки, и все этим сервисом активно пользовались. Сразу стало понятно, что это надолго и важно не потерять контакт с людьми. Мы завели канал #coronalife, куда в режиме эстафеты сотрудники и студенты пишут мотивирующие посты со смешными картинками. Таким образом, у нас есть и площадка для неформального общения.

© Mashable

Мы работаем в штатном режиме. Для видеосвязи с иностранными коллегами мы еще до коронавируса регулярно использовали Zoom, хотя, конечно, не в таком количестве, как сейчас. В лаборатории помимо научных семинаров мы еженедельно проводим внутренние общие встречи группы (lab meetings) – формат, больше распространенный в Англии и США. Неделю назад у нас прошёл такой виртуальный lab meeting через Zoom, где все члены команды познакомились с научным руководителем лаборатории профессором Расмусом Нильсеном из Беркли и иностранными коллегами Торфином Корнелиуссеном (Копенгаген) и Рассом Корбетом (Санта Круз). Так как встречи идут на английском, я попросил к нам присоединиться преподавателя английского языка МИЭМ Наталию Кудинову. Теперь мы решили организовать дополнительные занятия по техническому английскому языку и искусству презентаций, начнём в том же Zoom.

Сейчас стёрлись географические границы: в Москве, Дании, Калифорнии мы все работаем в удалённом режиме

Онлайн-формат помогает и даже подталкивает к тому, чтобы наладить более тесную совместную работу между нашими сотрудниками, студентами, и ребятами из иностранных лабораторий. Например, в лабораториях Беркли и Санта Круза больше биологов, а у нас – математиков. Это отличная возможность для более глубокого развития наших междисциплинарных исследований.

За короткое время мы выстроили новый формат работы, интенсивный и продуктивный, адаптировавшись к новым реалиям. Тем не менее я уверен, что без личного общения наука очень многое теряет. Мы недаром ездим на конференции. Конечно, все работы можно прочитать в журналах, но много новых и неожиданных идей рождается именно при встречах с коллегами, в ходе беседы. Нередко они перерастают в новый совместный проект. Личный контакт необходим, и полностью уйти в онлайн не получится.

Геномика – новая профессия

Геномика - это молодая междисциплинарная наука, в нее приходят из математики, компьютерных наук, биологии, физики и др. Мы создаем математические модели, на их базе разрабатываем методы анализа данных и применяем их к экспериментальным данным.

Сейчас мы готовим совместный проект с Егором Борисовичем Прохорчуком, заведующим лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных (ФИЦ Биотехнологии). Он будет посвящен анализу древней ДНК человека, жившего в эпоху ранней бронзы, из археологических раскопок Северного Кавказа. Наша задача – понять, как исторические и археологические выводы о переселении народов на этой территории согласуются с генетическими данными. Например, когда археологи раскапывают новое поселение, их находки могут напоминать уже известную культуру, которая существовала в другом месте. Что это значит? Это смешение произошло за счет торговли? Или же между культурами существовал полноценный обмен, включая межпопуляционные браки? Или, возможно, воинственное племя завоевало и вытеснило жившие на этой территории племена, и новая популяция полностью заменила исходную? Математический анализ древней ДНК может дать ключ к пониманию, какой из этих ответов ближе к действительности.

Благодаря технологиям секвенирования (выделение ДНК) мы можем изучать древние геномы

В частности, сопоставляя частоты различных вариантов в геномах людей из разных эпох, мы можем понять, какие из этих вариантов распространились из-за адаптации к меняющимся условиям внешней среды. Так, например, варианты генов FADS, отвечающих за переваривание жирной пищи, появились у северных народов именно за счет адаптации к диете.

Фрагмент научного семинара международной лаборатории статистической и вычислительной геномики

Один из самых известных примеров адаптации – усвоение лактозы населением почти всей Европы. До сих пор неясно, когда и где появился такой вариант гена. Некоторые исследования указывают на то, что в северной Европе сила отбора была значительно сильнее, чем на юге. Другие учёные наоборот ставят под сомнение наличие естественного отбора по этому варианту. Таким образом, даже в таком широко известном примере остаётся много вопросов, и у научного сообщества нет единого мнения. Тем не менее, увеличение количества доступных нам генетических данных, как современных, так и древних, даёт новые возможности для изучения эволюционных процессов и развития популяций.

Святой Грааль эволюционной биологии

В апреле мы провели первый научный семинар лаборатории. Это один из главных форматов академической работы. Я, например, люблю вспоминать, как в студенчестве участвовал в семинарах под руководством Владимира Игоревича Арнольда, его взрывную манеру говорить, горящие глаза.

Из-за пандемии Covid-19 наш первый семинар прошел позже, чем планировали, но в итоге важнейшее для нас мероприятие состоялось. Я хотел, чтобы открыл эту работу коллега из Сколтеха, Дмитрий Иванков, так как он умеет зажечь аудиторию, говорить простым языком о сложных вещах. Дмитрий рассказывал о том, что препятствует предсказаниям фенотипа по генотипу. Эта тема – Святой Грааль эволюционной биологии. Все мечтают загнать геном, последовательность ДНК в компьютер и увидеть организм, имеющий данный генотип, со всеми его особенностями, талантами и болезнями. Мне кажется, даже те, кто еще не очень глубоко погрузился в темы ДНК, РНК, эпистаза (зависимость эффекта генетического варианта от его контекста), оценили красоту и масштаб его работы.

Но при этом я понимаю, что пока онлайн-формат проигрывает офлайн по энергетике. Докладчику не хватает обратной связи, без личного контакта люди начинают отвлекаться. Поэтому мы все сейчас учимся прежде всего тому, как в виртуальном разговоре держать внимание. На занятиях со студентами я стал просить всех включать видео, сам стараюсь так настроить камеру, чтобы студенты видели мою жестикуляцию, руки, так как это помогает передать эмоции, быть в большем контакте со слушателем.

Ученые ушли онлайн и зовут вас с собой

Так совпало, что на последнем семинаре академического резерва в Вороново, мы обсуждали, каким образом мотивировать себя и коллег вести трансляции научных семинаров. Сейчас мотивировать никого не нужно. Мы все в онлайн. В этом есть свои плюсы и минусы. Например, теперь есть время «сходить» на те мероприятия, на которые мы обычно не добирались. На семинарах и лекциях нашей лаборатории мы рады всем – студентам и сотрудникам любых факультетов, любых университетов и просто слушателям, интересующимся наукой.

Я надеюсь, что и после окончания пандемии все академические мероприятия будут сопровождаться онлайн-трансляциями. Мне кажется, такой гибридный режим окажется весьма востребован. На наших семинарах мы точно станем так делать.

Больше мероприятий

20 апреля, 2020 г.